玛歌酒庄发展至今已有数百年的历史。早在12世纪，“拉曼·玛歌”这个名字就已经出现，只是那时园中还没有种植葡萄。拉曼·玛歌的历届庄主都是当时的贵族或重要人物，但即便如此，酒庄也并没有达到如今的辉煌，直到利斯通纳克（Lestonnac）家族接管之后，酒庄才开始蓬勃发展。

利斯通纳克家族在1572-1582的10年间将整个酒庄的产业进行了重组，并从长远角度考虑，在梅多克产区开始放弃谷类作物种植而改种葡萄。从17 世纪末到今天，玛歌酒庄拥有的265公顷肥沃土壤仍然是葡萄品质的根本保证，酒庄面积的三成被用来种植葡萄。经过几个世纪和几代人的努力，不断革新的高超酿酒技术使玛歌酒庄的葡萄酒最终成为了极品佳酿。玛歌酒庄成为了酿酒艺术的圣地，在波尔多众多酒庄如雨后春笋般出现的同时，玛歌酒庄早已以领导者的姿态屹立于葡萄酒之林。

在酒庄不断发展的过程中，不得不提的是那些曾为酒庄做过不朽贡献的庄主和经理们，尤其是18世纪初期的柏龙（Berlon）先生。他是第一个将红葡萄与白葡萄分开酿酒的酿酒师，在当时红葡萄及白葡萄是混在一起酿酒的。他同时也是第一个坚持不在早晨采摘葡萄的人。柏龙认为，早晨的葡萄上挂满了露水，如果那时采摘，葡萄的颜色和味道都会被露水冲淡。柏龙同样非常了解土壤的重要性，而且当时现代化的葡萄酒酿造法已经初现端倪。这些使玛歌葡萄酒不断飞跃，品质越来越好。

1705年，伦敦公报第一次公布了波尔多葡萄酒的销售量：230桶“Margoose”！1771年份的葡萄酒第一次出现在佳士得拍卖行的目录中。英国首相罗伯特沃尔普就是英国精英中偏爱干红的最好例子：他每3个月购买4桶玛歌红葡萄酒，但他每次都不付钱！“波尔多葡萄酒”的声誉传到了大洋彼岸，后来，美国驻法国大使托马斯•杰斐逊描述了波尔多地区佳酿的等级分别，将玛歌酒庄所产的葡萄酒放在了第一的位置。他订购了1784年的玛歌红葡萄酒，他认为，没有比这瓶更好的酒了。18世纪初，伟大的波尔多葡萄酒开始为世界所认识，并建立了一套非正式的分类体系。

法国大革命结束了波尔多的金色时期，玛歌酒庄庄主埃利·巴瑞（Elie du Barry）被雅各宾党送上了断头台。玛歌酒庄的藤蔓、树林、田野和工厂也被革命家们作为国有资产出售拍卖。后来，约瑟夫（Joseph）的侄女罗拉·菲梅勒（Laure de Fumel）成功地从米高（Miqueau）那里买下酒庄。罗拉·菲梅勒是利斯通纳克、朋达克（Pontac）和奥莱德（Aulede）家族的唯一后裔。这些家族细心经营玛歌酒庄长达三个世纪。

1801年，玛歌酒庄被罗拉·菲梅勒拍卖，最终被一位名叫伯特兰·杜亚特（Bertrand Douat）的巴斯克人购得。伯特兰·杜亚特是一位相当有地位的科隆尼拉（la Colonilla）侯爵，他从西班牙携带了巨大财富来到法国。侯爵是一艘船的船主，还是西班牙政府与俄罗斯易货协议进行谈判的代理人。然而他对葡萄酒并没有多大兴趣，玛歌酒庄只是他借以攀登上更高社会地位的一种手段。1810年，70岁的科隆尼拉侯爵开始重建酒庄，正是他让波尔多的建筑成为一种流行趋势。不过还没住进这些新建的庄园，侯爵便于1836年辞世。被公认为维克多·路易斯（Victor Louis）继承人的路易斯·库姆斯（Louis Combes），设计建造了波尔多大剧院。玛歌酒庄就是他的代表作，被世人称为“梅多克的凡尔赛宫”。在法国，这是其中一座为数不多的新帕拉底奥风格的建筑，于1946年被列入世界历史文化遗产。

后来，由于科隆尼拉侯爵的继承者对酒庄并不感兴趣，所以玛歌酒庄被出售给亚历山大·阿加多（Alexandre Aguado）。与科隆尼拉侯爵不同的是，阿加多是一个真正的西班牙人侯爵。他是当时第一位买下波尔多酒庄的银行家。他拥有足够的财富，玛歌酒庄并不是他的生财之地，而只是一个他喜欢的怡人住处。1879 年，酒庄被阿加多侯爵的儿媳艾米丽·马可多纳（Emily Macdonnel）卖给了皮雷-威尔（Pillet-Will）伯爵。

之后虽然玛歌酒庄历经世界经济大萧条、霉霜病、根瘤蚜和白粉病的危机，在全球葡萄酒业都遭受到巨大打击时，酒庄在历任庄主的精心照料下，葡萄园仍然保存得相当完好。1893年酒庄收成颇丰，产量极高，甚至到了没有足够的桶装酒而不得不中止产出的地步，这一年的产量甚至超越了传奇的1870年。继皮雷-威尔死后，他的财产都归于女婿特雷穆瓦耶公爵名下，然而特雷穆瓦耶公爵却无心理睬酒庄，酒庄发展滞后。

1977年，波尔多的葡萄酒刚刚经历了严重的经济危机和丑闻，投资者没有兴趣投资酒庄，酒庄业主也没有能力投资于自己的产业。时任玛歌庄主的安德雷· 门泽罗（Andre Mentzelopoulos）却感觉机会来临，对玛歌酒庄投注了大量资金，进行大范围的改革。酒庄在排水系统、开拓新的种植园等方面得到很大改善，酒庄和其附属建筑也得到了重建和革新。酿酒方面，在一代酿酒宗师艾米丽·佩诺德（Emile Peynaud）的监督下，“玛歌红亭”被重新定义并进行改进，酒窑里增加了很多品种的葡萄酒，并采用新橡木桶陈酿。“玛歌白亭”也将被重新定义。安德雷 ·门泽罗所做的这一切都是为了使这片沃土能够恢复昔日的生机，他对于玛歌酒庄来说绝对是一个跨时代的人物。1978年玛歌酒庄迎来了一个好年份，然而安德雷·门泽罗还没来得及分享玛歌酒庄丰收的喜悦就于1980年去世。之后他的女儿科琳·门泽罗（Corinne Mentzelopoulos）从父亲手中接过了重担。

在整个团队和酿酒师艾米丽·佩诺德的支持下，科琳开始投身于玛歌酒庄的事务中。1983年，酒类博士学位的农艺工程师保罗·庞塔利尔（Paul Pontallier）加入玛歌酒庄的大家庭，成为酒庄总监，这使得安德雷·门泽罗此前推行的投资项目得以继续贯彻。1982年，国际市场对波尔多葡萄酒的需求剧增，这对玛歌酒庄来说也是一项新的挑战。第一个对这个顶级酒庄表现热情的是美国市场，随后是有着较为传统鉴赏能力的英国和德国市场，之后日本也加入该浪潮。随后，香港、新加坡、前苏联和中国大陆的热情买家也争相追逐玛歌葡萄酒。